Sünnet tarihinin milattan önceki dönemlere 6000 'li yıllara ait olduğu tarihi eserlerdeki görsel yapıtlarda, eski Mısır mezarlarından anlaşılmaktadır. Eski ve Yeni Ahit’te, sünnete çok sayıda atıf yapılmaktadır. İlahi dinler dönemlerinde de uygulanmış olup Musevilik ve İslam’da dini bir gelenek halini almıştır. İbrahim peygamberin torunu olan İslam peygamberi Hz. Muhammed kendi çocuklara sünnet yapılmasını ısrarla tavsiye etmiştir. Arap geleneklerine göre peygamberin önerisi ile o dönemde doğumdan sonraki 7 gün içerisinde sünnet yapıldığı bilinmektedir. Hz. Muhammed oğlu Kasım’ı ölmeden önce sünnet ettirdiği rivayetler arasındadır. Yine sünnetle birlikte yemek ikram edilmesi de o dönemin arab gelenekleri arasında bilinmektedir.
Türklerin İslam ile tanışmalarını takiben bu geleneği de yaşattıkları bilinmektedir. Zaman içerisinde dini ve toplumsal bir seremoni haline getirilmiş ve Osmanlı döneminde kutsal bir dini tören olarak kabul edilmiştir. Sünnet konusunda dünya çapında en geniş ve tek kaynak olan Vehbi’ nin Surnamesi’ nde (Surname-i Vehbi) belirtildiğine göre Sultan III. Ahmet zamanında (1720) hazırlıklar hariç sadece kutlamalar yaklaşık 15 gün sürmekteydi. Sünnet zamanla yalnızca dini bir tören olmaktan çıkmış, kutlama, şenlik, güç gösterisi, aşiret yada eşraf genişliğinin sergilendiği toplumsal bir tören haline gelmiştir. Sünnet Türk toplum geleneğinde oldukça geniş yankı bulmuştur.
Hastalıklara karşı profilaksi amacıyla rutin yenidoğan sünnetinin yaygınlık kazanması 19. yüzyıla rastlar. Özellikle ingilizce konuşulan ülkelerde sünnet, kısa sürede kabul görmüştür.
1989 yılında Amerikan Pediatri Akademisinin sünnetle ilgili görev komisyonu, yenidoğan sünnetinin potansiyel tıbbi faydaları ve avantajları yanında, risk ve dezavantajları da olduğunu deklare ederek, girişim öncesinde ebeveyne bunların anlatılmasını önermiştir.
